北京大学基础医学院中西医结合教研室正式成立于1975年，李顺成教授任主任。1981年获批中西医结合硕士学位授予点；1996年王传社讲师任教研室副主任、代理主任。2002年蒋文跃副教授任教研室副主任、代理主任。2004年北京大学医学部与天士力集团共建“北京大学医学部天士力微循环研究中心”，聘韩晶岩任主任；2006年聘韩晶岩任教研室代理主任；2008年韩晶岩任教授、教研室主任；2009年获批国家中医药管理局微循环（三级）实验室；2010年成立中西结合学系（韩晶岩教授任主任）；2012年获批国家中医药管理局痰瘀重点研究室；2014年获批北京市中西医结合微血管病研究所：2014年获批博士后流动站；2017年获批博士学位授予点；2019年与中日友好医院联合成立“北京大学医学部中西医结合研究院”（韩晶岩教授、姚树坤教授任共同院长）；2022年，中西医结合学科成为北京大学放权改革世界一流学科建设单位。2023年，入选国家中医药管理局高水平中西医结合基础（微循环中心）重点学科；2025年曾克武教授任教研室主任。在国际微循环领域研究机构的响力排名中，支撑北京大学于2015年位居第2名，于2017年跃居第1名。

中西医结合教研室现有博士生导师8人，含国家杰出青年科学基金获得者1人、国家级青年人才计划入选者2人；形成了一支结构合理、学科交叉、老中青有序衔接的教学科研团队。

为本科生、研究生和留学生开设了《中医基础理论》、《中药学》、《方剂学》、《中医核心理论》、《血瘀与活血化瘀理论的科学内涵》等系列必修与选修课。培养了50名硕士、40名博士及十余名博士后；多名研究生在第11届、第12届世界微循环大会、欧洲微循环及血管生物学大会、国际气血大会上获青年学者奖、最佳壁报奖等。教研室为国内外高校及科研机构输送了中西医结合教学与研究骨干。

在科学研究领域，教研室致力于“说清楚、讲明白”中医核心理论的科学内涵，将研究从静态、二维提升至动态、四维水平，系统揭示了气虚血瘀、气滞血瘀、热毒血瘀、寒凝血瘀、外伤血瘀等血瘀与活血化瘀理论的科学内涵；阐明了复方丹参滴丸、芪参益气滴丸、养血清脑颗粒等上市复方中药，黄芪建中汤、生脉散、逍遥散、四逆散、麻杏石甘汤、清营汤、犀角地黄汤、温经汤、麻黄汤、当归四逆汤等经典名方，以及主要入血成分改善微循环障碍的作用和机理。教研室将现代化学生物学与中医药研究深度融合，在国际率先提出中药化学生物学的学科新概念，精准鉴定了苏木酮A、蟾毒灵、高三尖杉酯碱等30余种中药特征成分的靶点，形成“靶点驱动”的中药功效诠释模式。研究成果先后获得中国中西医结合学会科学技术奖一等奖、高等学校科学研究优秀成果奖二等奖、世界中医药学会联合会中医药国际贡献奖-科技进步二等奖。“基于微血管屏障的气虚不固摄和补气固摄的科学内涵被初步揭示”入选2021年度中医药十大学术进展、“单细胞组学、靶点“钩钓”等新技术助力中药功效科学内涵阐释”入选2022年度中医药十大学术进展。韩晶岩教授主编的《缺血再灌注损伤与中医药》获国家出版基金支持，入选新中国成立70周年百种科技新书、世界中医药学会联合会中医药国际贡献奖-著作奖一等奖。